Selama perjalanan mereka, Mitsuha dan Taki mulai jatuh cinta satu sama lain, meskipun mereka tidak pernah bertemu dalam kehidupan nyata.
Namun, ketika mereka mencoba untuk bertemu di kehidupan nyata, mereka menyadari bahwa Mitsuha sudah meninggal dunia dalam sebuah bencana yang terjadi di desanya tiga tahun yang lalu.
Taki, yang masih berada di masa kini, berusaha untuk mengubah masa lalu dengan cara melakukan perjalanan waktu dan membantu Mitsuha menghindari bencana itu. Setelah melalui beberapa kali perjalanan waktu, Taki akhirnya berhasil mengubah masa lalu dan mencegah bencana itu terjadi.
Baca Juga:3 Rekomendasi anime movie yang wajib anda tontonEfek Minum Air Putih 4 Liter Sehari
Cerita ini berakhir dengan Taki dan Mitsuha yang bertemu di kehidupan nyata dan mengenali satu sama lain dengan memori mereka yang sedikit kabur dari perjalanan waktu tersebut, namun mereka merasakan keberadaan dan perasaan yang sama yang pernah mereka rasakan selama perjalanan waktu.